За время развития проекта Arduino структура его папок и настроек была уже изменена много раз. В частности, начиная с некоторой версии изменилось расположение "кастомных" настроек для самодельного или экзотического оборудования.
В ближайшее время эти настройки будут выложены в GIT, ну а пока можно поменять их самостоятельно, пользуясь руководством на оригинальном сайте Arduino.